Algunos historiadores fechan el inicio de las primeras poblaciones asentadas en la zona sobre el 200 a.C, con el nombre de Hélice o Elite.
No obstante la población de Alía empieza a definirse con las invasiones árabes, como demuestran sus antiguas casas y la estructura de sus calles y sus numerosos topónimos, Guadarranque, Guadalupejo, Guadarranquejo e incluso su nombre Alía.
La reconquista del lugar fue realizada por Alfonso IX, ocupando un enclave importante en el camino de la Mesta.
El término fue señalado y delimitado por el Cardenal Pedro Gómez Barroso y Don Fermán Pérez de Monroy el 11 de Abril de 1338, quedando como lugar de realengo.
A partir de entonces su término perteneció a varios señoríos, primero a los señores de Talavera, según consta en las Ordenanzas de los Alijares de 1519, y después al Marques de Cortes de Graena hasta el 1751. En 1756 el rey Carlos III le otorgo el titulo de villa.
En la actualidad pertenece al partido judicial de Logrosán, mientras que en lo eclesiástico a la Vicaría de Talavera, dentro de la Archidiócesis de Toledo. Otras entidades poblacionales menores que dependen de Alía son Cíjara, La Calera y Puerto Rey.